От ме­то­дов се­лек­ции выс­ших эу­ка­ри­от они от­ли­ча­ют­ся су­ще­ствен­но. До не­дав­не­го вре­ме­ни ос­нов­ны­ми ме­то­да­ми по­лу­че­ния вы­со­ко­про­дук­тив­ных штам­мов мик­ро­ор­га­низ­мов были ис­кус­ствен­ный му­та­ге­нез и по­сле­ду­ю­щий отбор групп ге­не­ти­че­ски иден­тич­ных кле­ток  — кло­нов. После вы­де­ле­ния из ди­ко­го штам­ма мик­ро­ор­га­низ­мов, об­ла­да­ю­щих по­лез­ны­ми для че­ло­ве­ка свой­ства­ми, про­во­дит­ся отбор наи­бо­лее про­дук­тив­ных штам­мов среди них. Сле­ду­ю­щий этап, как пра­ви­ло,  — при­ме­не­ние ис­кус­ствен­но­го му­та­ге­не­за, поз­во­ля­ю­ще­го уси­лить по­яв­ле­ние раз­лич­ных му­та­ций.