1.  У па­по­рот­ни­ко­об­раз­ных по срав­не­нию с се­мен­ны­ми рас­те­ни­я­ми не­до­ста­точ­но раз­ви­ты про­во­дя­щая и кор­не­вая си­сте­мы, из-⁠за чего они рас­тут мед­лен­нее и про­иг­ры­ва­ют кон­ку­рен­цию.

2.  Па­по­рот­ни­ко­об­раз­ные раз­мно­жа­ют­ся спо­ра­ми, ко­то­рые мень­ше за­щи­ще­ны, чем се­ме­на се­мен­ных рас­те­ний, и чаще по­ги­ба­ют, не дав на­ча­ло но­во­му га­ме­то­фи­ту.

3.  Па­по­рот­ни­ко­об­раз­ным не­об­хо­ди­ма вода для опло­до­тво­ре­ния (для до­став­ки спер­ма­то­зо­и­да к яй­це­клет­ке), по­это­му они не могут оби­тать в за­суш­ли­вых ме­стах.