1.  Ча­сто­та (про­цент) пе­ре­кре­ста между двумя ге­на­ми, рас­по­ло­жен­ны­ми в одной хро­мо­со­ме, про­пор­ци­о­наль­на рас­сто­я­нию между ними. Крос­син­го­вер между двумя ге­на­ми про­ис­хо­дит тем реже, чем ближе друг к другу они рас­по­ло­же­ны. По мере уве­ли­че­ния рас­сто­я­ния между ге­на­ми все более воз­рас­та­ет ве­ро­ят­ность того, что крос­син­го­вер раз­ве­дет их по двум раз­ным го­мо­ло­гич­ным хро­мо­со­мам.

На ос­но­ва­нии ли­ней­но­го рас­по­ло­же­ния генов в хро­мо­со­ме и ча­сто­ты крос­син­го­ве­ра как по­ка­за­те­ля рас­сто­я­ния между ге­на­ми можно по­стро­ить карты хро­мо­сом.

2.  В ис­сле­до­ва­ни­ях эво­лю­ци­он­но­го про­цес­са срав­ни­ва­ют ге­не­ти­че­ские карты раз­ных видов живых ор­га­низ­мов.

По­доб­но тому, как ана­лиз ДНК поз­во­ля­ет уста­но­вить сте­пень род­ства между двумя лю­дь­ми, тот же самый ана­лиз ДНК (срав­не­ние от­дель­ных генов или целых ге­но­мов) поз­во­ля­ет вы­яс­нить сте­пень род­ства между ви­да­ми, а зная ко­ли­че­ство на­коп­лен­ных раз­ли­чий, ис­сле­до­ва­те­ли опре­де­ля­ют время рас­хож­де­ния двух видов, то есть время, когда жил их по­след­ний общий пре­док.

При­ме­ча­ние.

С раз­ви­ти­ем мо­ле­ку­ляр­ной ге­не­ти­ки было по­ка­за­но, что про­цес­сы эво­лю­ции остав­ля­ют следы в ге­но­мах в виде му­та­ций. На­при­мер, ге­но­мы шим­пан­зе и че­ло­ве­ка оди­на­ко­вы на 96%, а те не­мно­гие об­ла­сти, ко­то­рые раз­ли­ча­ют­ся, поз­во­ля­ют опре­де­лить время су­ще­ство­ва­ния их об­ще­го пред­ка.

По­доб­но тому, как ана­лиз ДНК поз­во­ля­ет уста­но­вить сте­пень род­ства между двумя лю­дь­ми, тот же самый ана­лиз ДНК (срав­не­ние от­дель­ных генов или целых ге­но­мов) поз­во­ля­ет вы­яс­нить сте­пень род­ства между ви­да­ми, а зная ко­ли­че­ство на­коп­лен­ных раз­ли­чий, ис­сле­до­ва­те­ли опре­де­ля­ют время рас­хож­де­ния двух видов, то есть время, когда жил их по­след­ний общий пре­док. На­при­мер, со­глас­но дан­ным па­ле­он­то­ло­гии, общий пре­док че­ло­ве­ка и шим­пан­зе жил при­мер­но 6 мил­ли­о­нов лет назад (такой воз­раст имеют, на­при­мер, ис­ко­па­е­мые на­ход­ки ор­ро­ри­на и са­хе­лан­тро­па - форм, мор­фо­ло­ги­че­ски близ­ких к об­ще­му пред­ку че­ло­ве­ка и шим­пан­зе). Для того, чтобы по­лу­чи­лось на­блю­да­е­мое число раз­ли­чий между ге­но­ма­ми, на каж­дый мил­ли­ард нук­лео­ти­дов долж­но было при­хо­дить­ся в сред­нем 20 из­ме­не­ний за одно по­ко­ле­ние.

ДНК че­ло­ве­ка ока­зы­ва­ет­ся го­мо­ло­гич­ной ДНК ма­ка­ки на 78%, быка – на 28%, крысы - на 17%, ло­со­ся – на 8%, ки­шеч­ной па­лоч­ки – на 2%.

Для того, чтобы по­стро­ить фи­ло­ге­не­ти­че­ское де­ре­во, до­ста­точ­но рас­смот­реть не­сколь­ко генов, при­сут­ству­ю­щих у всех ор­га­низ­мов, ко­то­рые мы хотим вклю­чить в это де­ре­во (обыч­но чем боль­ше генов, тем ста­ти­сти­че­ски до­сто­вер­нее по­лу­ча­ют­ся эле­мен­ты де­ре­ва - по­ря­док ветв­ле­ния и длины вет­вей).

Можно, поль­зу­ясь ге­не­ти­че­ски­ми при­е­ма­ми (ис­сле­до­ва­ни­ем стро­е­ния хро­мо­сом, со­по­став­ле­ни­ем ге­не­ти­че­ских карт, уста­нов­ле­ни­ем ал­лель­но­сти генов), с до­ста­точ­ной точ­но­стью вы­яс­нить фи­ло­ге­нию не­сколь­ких род­ствен­ных видов на про­тя­же­нии от­рез­ка вре­ме­ни, в те­че­ние ко­то­ро­го они ди­вер­ги­ро­ва­ли от об­ще­го по­ряд­ка. Но этот под­ход при­ме­ним толь­ко к весь­ма близ­ким фор­мам, хо­ро­шо ге­не­ти­че­ски изу­чен­ным и, же­ла­тель­но, скре­щи­ва­е­мым друг с дру­гом, т. е. к очень не­мно­гим и весь­ма узким си­сте­ма­ти­че­ским груп­пам, воз­ник­шим от­но­си­тель­но не­дав­но.