Го­мо­ло­гич­ные хро­мо­со­мы  — пара хро­мо­сом при­бли­зи­тель­но рав­ной длины, с оди­на­ко­вым по­ло­же­ни­ем цен­тро­ме­ры и да­ю­щие оди­на­ко­вую кар­ти­ну при окра­ши­ва­нии. Их гены в со­от­вет­ству­ю­щих (иден­тич­ных) ло­ку­сах пред­став­ля­ют собой ал­лель­ные гены  — ал­ле­ли, то есть ко­ди­ру­ют одни и те же белки или РНК. При дву­по­лом раз­мно­же­нии одна го­мо­ло­гич­ная хро­мо­со­ма на­сле­ду­ет­ся ор­га­низ­мом от ма­те­ри, а дру­гая  — от отца