В аг­ро­э­ко­си­сте­ме живет мень­ше видов, чем в есте­ствен­ной эко­си­сте­ме. По­это­му пи­ще­вые цепи в аг­ро­э­ко­си­сте­ме ко­рот­кие, не­раз­ветв­лен­ные, из-за этого кру­го­во­рот ве­ществ не­устой­чи­вый, сле­до­ва­тель­но, сама аг­ро­э­ко­си­сте­ма не­устой­чи­ва.