Не­смот­ря на не­бла­го­при­ят­ные по­след­ствия са­мо­опы­ле­ния, его часто при­ме­ня­ют у пе­ре­крест­но­опы­ля­е­мых рас­те­ний для по­лу­че­ния го­мо­зи­гот­ных («чи­стых») линий с нуж­ны­ми при­зна­ка­ми. Это при­во­дит к сни­же­нию уро­жай­но­сти. Од­на­ко затем про­во­дят пе­ре­крест­ное опы­ле­ние между раз­ны­ми са­мо­опы­ля­ю­щи­ми­ся ли­ни­я­ми и в ре­зуль­та­те в ряде слу­ча­ев по­лу­ча­ют вы­со­ко­уро­жай­ные ги­бри­ды, об­ла­да­ю­щие нуж­ны­ми се­лек­ци­о­не­ру свой­ства­ми. Это метод меж­ли­ней­ной ги­бри­ди­за­ции, при ко­то­ром часто на­блю­да­ет­ся эф­фект ге­те­ро­зи­са: ги­бри­ды пер­во­го по­ко­ле­ния об­ла­да­ют вы­со­кой уро­жай­но­стью и устой­чи­во­стью к не­бла­го­при­ят­ным воз­дей­стви­ям.