При­чи­на  — гео­гра­фи­че­ская изо­ля­ция и дей­ствие ста­би­ли­зи­ру­ю­ще­го от­бо­ра.

1.  Бай­кал дли­тель­ное время (около 20 млн лет) не имеет со­еди­не­ния с дру­ги­ми во­до­е­ма­ми, по­это­му ор­га­низ­мы из дру­гих во­до­е­мов не могут по­пасть в Бай­кал.

2.  В Бай­ка­ле могли со­хра­нить­ся виды, ко­то­рые во всех осталь­ных (свя­зан­ных между собой) во­до­е­мах уже вы­мер­ли.

3.  В ре­зуль­та­те му­та­ций и есте­ствен­но­го от­бо­ра из­ме­нил­ся ге­но­фонд ис­ход­ных ор­га­низ­мов, что при­ве­ло в воз­ник­но­ве­нию новых видов. Бай­каль­ские по­пу­ля­ции, не име­ю­щие связи с по­пу­ля­ци­я­ми дру­гих во­до­е­мов, эво­лю­ци­о­ни­ро­ва­ли не­за­ви­си­мо от дру­гих по­пу­ля­ция своих видов и пре­вра­ти­лись в от­дель­ные эн­де­мич­ные виды.

4.  В озере Бай­кал уни­каль­ные усло­вия (на­при­мер, вы­со­кое со­дер­жа­ние кис­ло­ро­да) и своя уни­каль­ная эко­си­сте­ма, по­это­му на­прав­ле­ние эво­лю­ции ор­га­низ­мов в озере Бай­кал от­ли­ча­ет­ся от на­прав­ле­ния эво­лю­ции ор­га­низ­мов в дру­гих во­до­е­мах.