Фер­мент ацил-КоА де­гид­ро­ге­на­за участ­ву­ет в рас­щеп­ле­нии слож­ных жир­ных кис­лот на более про­стые ве­ще­ства. Это про­ис­хо­дит в ми­то­хон­дри­ях кле­ток, где вы­ра­ба­ты­ва­ет­ся энер­гия при рас­па­де слож­ных ве­ществ на более про­стые (ми­то­хон­дри­аль­ное окис­ле­ние).